Phát hiện và định lượng Pneumocystis jirovecii và các đột biến DHPS

Bộ PneumoGenius® Multiplex real-time PCR là xét nghiệm PCR đa mũ bán định lượng, không tự động, dùng để phát hiện và định lượng Pneumocystis jirovecii, đồng thời xác định đột biến Thr55Ala và Pro57Ser trên gen DHPS (fas) sau khi chiết xuất axit nucleic bằng thiết bị NucliSENS easyMAG® (BioMérieux) hoặc bộ QIAamp® Blood mini kit (Qiagen) từ mẫu rửa phế quản-phế nang (BAL). Xét nghiệm hỗ trợ chẩn đoán viêm phổi Pneumocystis ở bệnh nhân suy giảm miễn dịch, bao gồm người nhiễm HIV và người suy dinh dưỡng, khi kết hợp với các kết quả lâm sàng và xét nghiệm khác. Bộ kit dùng cho máy LightCycler® 480 II (Roche), Rotor-Gene® Q (QIAGEN), QuantStudio™ 5 (Thermo Fisher Scientific), Mic qPCR (BMS) và CFX96™ (Bio-Rad).

Bộ PneumoGenius® Multiplex real-time PCR được thiết kế để phát hiện và định lượng DNA của P. jirovecii trên mẫu BAL. Bộ kit bao gồm các hỗn hợp tối ưu hóa, có sẵn sàng sử dụng, chứa tập hợp mồi (primers) và đầu dò (probes) đặc hiệu cho mục tiêu P. jirovecii. Phương pháp dựa trên công nghệ PCR thời gian thực (real-time PCR) sử dụng tín hiệu huỳnh quang phát ra từ các đầu dò trong quá trình khuếch đại. Máy PCR thời gian thực có khả năng thu nhận tín hiệu ở các kênh vàng, cam và đỏ. Sau khi kết thúc bước khuếch đại, phân tích đường cong nóng chảy (melting-curve analysis) được thực hiện để nhận biết và phân biệt các đột biến trên gen DHPS fas. Vật liệu đầu vào là DNA đã chiết tách từ mẫu BAL. Quy trình chiết tách axit nucleic nằm ngoài phạm vi bộ kit, tuy nhiên hướng dẫn tham khảo có trong mục 10 “Chiết tách và Chuẩn bị Axit nucleic”.